1913年“二次革命”爆發(fā)，廣東革命黨人紛紛宣布討袁。袁世凱任命龍濟(jì)光為廣東宣撫使，令其鎮(zhèn)壓革命黨人。8月，龍濟(jì)光進(jìn)入廣州，大肆屠殺革命黨人，下令懸賞通緝朱執(zhí)信、鄧鏗等革命黨人。11月，朱執(zhí)信派革命黨人攜運(yùn)武器至廣州，秘密準(zhǔn)備起義，不幸事泄，被龍濟(jì)光鎮(zhèn)壓。

　　袁世凱鎮(zhèn)壓了“二次革命”后，加緊復(fù)辟帝制，革命黨人紛紛策劃反袁舉義。朱執(zhí)信、鄧鏗也于此時先后返回廣東，積極籌劃討伐龍濟(jì)光的斗爭。朱執(zhí)信不辭勞苦，歷盡艱辛，常常來往于廣州、南海、佛山等地發(fā)動民軍和綠林豪杰，籌劃起義。經(jīng)過努力，各地民軍多被朱執(zhí)信說服，表示愿追隨朱執(zhí)信，甚至龍濟(jì)光所部一些官兵也愿意倒戈相從。

　　11月5日，朱執(zhí)信親自指揮起義。起義前，朱執(zhí)信采取聲東擊西的戰(zhàn)術(shù)，派人在廣州散播起義軍即將攻打廣州的消息。龍濟(jì)光果然中計，將各地部隊大批調(diào)回廣州。11月11日清晨，戰(zhàn)斗打響了，民軍斃傷龍濟(jì)光部數(shù)百人。高州等地的革命黨人也紛紛起義，攻占了很多城鎮(zhèn)，但終因槍械不足、彈藥短缺，起義失敗。

　　此后，朱執(zhí)信繼續(xù)領(lǐng)導(dǎo)“討龍”行動。他往返于港澳之間，并先后幾次派出代表，動員駐肇慶的李耀漢部隊和廣州的李福林部隊尋機(jī)起義；又派出鐘明光等前往廣州，伺機(jī)刺殺龍濟(jì)光。1915年7月17日，龍濟(jì)光被炸傷，鐘明光被捕，后慘遭殺害。

　　1915年11月，朱執(zhí)信赴日，向?qū)O中山報告廣東起義情況，討論如何進(jìn)一步開展“反袁討龍”斗爭，在廖仲愷的介紹下，朱執(zhí)信加入中華革命黨。12月2日，孫中山委任朱執(zhí)信為中華革命軍廣東司令長官，并寫信給廣東地區(qū)的革命黨人，要求他們“各事可聽執(zhí)信計劃而行”。

　　朱執(zhí)信于1915年12月中旬返回澳門，秘密建立革命機(jī)關(guān)，繼續(xù)領(lǐng)導(dǎo)廣東地區(qū)的“反袁討龍”斗爭。12月25日，蔡鍔、唐繼堯、李烈鈞在云南發(fā)起護(hù)國運(yùn)動，宣布云南獨(dú)立。朱執(zhí)信等人積極布置全省各地的武裝起義，“或溝通軍隊，或聯(lián)絡(luò)民眾，此仆彼繼，再接再厲”。

　　袁世凱稱帝后，封龍濟(jì)光為“一等公加郡王銜”，并命令他調(diào)動精銳經(jīng)廣西進(jìn)攻云南，被李烈鈞率領(lǐng)的護(hù)國軍擊敗。朱執(zhí)信為配合護(hù)國軍的行動，立即發(fā)動廣東革命黨人、民軍起義，并準(zhǔn)備攻打廣州。1916年2月5日，朱執(zhí)信率民軍數(shù)千人聚集于石湖村。龍濟(jì)光得到密報，立即調(diào)遣精銳部隊前往鎮(zhèn)壓。8日，民軍與龍濟(jì)光部展開激戰(zhàn)，重創(chuàng)龍濟(jì)光部。不久，龍濟(jì)光的援軍攜帶大炮趕到，向石湖村猛烈炮擊。9日凌晨，在敵強(qiáng)我弱的形勢下，朱執(zhí)信下令撤退。隨后，朱執(zhí)信又對撤退部隊進(jìn)行整編，準(zhǔn)備再戰(zhàn)。

　　不久，朱執(zhí)信又策劃襲擊黃埔炮臺和停泊黃埔港的北洋海軍軍艦肇和號的行動。經(jīng)朱執(zhí)信等的勸說，李耀漢部在肇慶通電反袁，并以中華革命軍為友軍，欽廉、潮汕駐軍相繼宣布獨(dú)立。與此同時，廣西督軍陸榮廷也宣布參加護(hù)國軍，將進(jìn)入云南的龍濟(jì)光部全部繳械。龍濟(jì)光為了自保，不得已于4月6日宣布廣東“獨(dú)立”，又宣布加入岑春煊的兩廣都司令部，實(shí)際上卻并不服從調(diào)動。

　　廣東“獨(dú)立”后，由于龍濟(jì)光惡行昭彰，廣東軍民紛紛要求他下臺。龍濟(jì)光被迫停止對革命黨人、民軍的“征剿”。4月下旬，他命令李福林與朱執(zhí)信“議和”，但暗地里擴(kuò)軍備戰(zhàn)，準(zhǔn)備偷襲中華革命黨人和民軍。

　　朱執(zhí)信識破龍濟(jì)光的陰謀，立即派人前往肇慶同護(hù)國軍代表聯(lián)系，商議了“討龍”的具體步驟。經(jīng)研究，朱執(zhí)信決定兵分東、西、北三路，直取廣州：東路為朱執(zhí)信、鄧鏗所率領(lǐng)的中華革命黨，西路為陸榮廷所率的桂軍和李耀漢所率的肇軍，北路為李烈鈞所率的滇軍。6月，由朱執(zhí)信、陸榮廷、李烈鈞率領(lǐng)的東、西、北三方面兵力包圍了廣州。

　　此時，袁世凱死去的消息傳來，接著，北洋政府委任陸榮廷取代龍濟(jì)光為廣東都督，龍濟(jì)光率殘部逃往海南島。朱執(zhí)信則遵照孫中山的指示，結(jié)束了中華革命軍在廣東的活動。